熒光顯微鏡

熒光顯微鏡是以紫外線為光源， 用以照射被檢物體， 使之發出熒光， 然后在顯微鏡下觀察物體的形狀及其所在位置。

螢光顯微鏡需在標本的照明光中，選擇出特定波長的激發光，以產生熒光，然后必須在激發光和熒光混合的光線中，單把熒光分離出來以供觀察。因此，在選擇特定波長中，濾光鏡系統，成為極其重要的角色。

熒光顯微鏡用于研究細胞內物質的吸收、運輸、化學物質的分布及定位等。 細胞中有些物質，如葉綠素等，受紫外線照射后可發熒光；另有一些物質本身雖不能發熒光，但如果用熒光染料或熒光抗體染色后，經紫外線照射亦可發熒光，熒光顯微鏡*是對這類物質進行定性和定量研究的工具之一。

相差顯微鏡

相差顯微鏡是荷蘭科學家Zernike于1935年發明的，用于觀察未染色標本的顯微鏡。一般由于被檢物體（如不染色的細胞）所能產生的相差太小，肉眼很難分辨，只有在變相差為振幅差（明暗差）之后才能被區分。而相差顯微鏡通過改變這種相位差，并利用光的衍射和干涉現象，把相差變為振幅差來觀察活細胞和未染色的標本。

相差是指同一光線經過折射率不同的介質其相位發生變化并產生的差異。相位指在某一時間上，光的波動所達到的位置。

相差顯微鏡和普通顯微鏡的區別是：用環狀光闌代替可變光闌， 用帶相板的物鏡代替普通物鏡，并帶有一個合軸用的望遠鏡。

共聚焦顯微鏡

共聚焦顯微鏡是一種利用逐點照明和空間針孔調制來去除樣品非焦點平面的散射光的光學成像顯微鏡，相比于傳統成像方法可以提高光學分辨率和視覺對比度。

共聚焦是從一個點光源發射的探測光通過透鏡聚焦到被觀測物體上，如果物體恰在焦點上，那么反射光通過原透鏡應當匯聚回到光源。

激光掃描共聚焦顯微鏡[Confocal Laser Scanning Microscope(CLSM或LSCM)]在反射光的光路上加上了一塊半反半透鏡(dichroic mirror)，將已經通過透鏡的反射光折向其它方向，在其焦點上有一個帶有針孔(Pinhole)，小孔*位于焦點處，擋板后面是一個光電倍增管(photomultiplier tube，PMT)。其意義是：通過移動透鏡系統可以對一個半透明的物體進行三維掃描。